Hi Chris,
ich bin gerade dabei, genau daselbe durchzugeigen.
Wenn Du in F oder D selbsttändig bist (z. Bsp. Nebenerwerb), dann verlierst Du den Grenzgängerstatus nicht, denn der bezieht ich nur auf Einkommen aus "abhängige Beschäftigung". Allerdings musst Du, wenn das Gewerbe in F betrieben wird, dieses anmelden und Steuer + Sozialabgaben zahlen. Je nach Deiner Einkommensituaton sind dann 45-50% des Nebenerwerbseinkommens weg.
Lösung:
Du brauchts eine deutsche Anschrift, wo Du das Gewerbe in D betreibst und gibst dann in D eine Umsatzsteuererklärung ab. Den Bescheid über die entrichtete Umsatzsteuer gibst Du zusammen mit der Steuererklärung in F ab. Das Finanzamt nimmt Dein Einkommen aus abhängiger Beschäftigung sowie aus gewerbe in D zusammen (+ Zinsen etc.) und ermittelt daraus Dein "Welteinkommen". Die dient zur Ermittlung der Steuerprogression; der Steuersatz aus dem Welteinkommen wird dann aber nur auf Einkommen aus abhängiger Beschäftigung angewandt. Dafür zahlst Du in F Steuern.
Die Umsatzsteuer in D beträgt je nach zu versteuerndem Umsatz 20-30%, keine Sozialabgaben.
Ein weiterer Vorteil ist IMHO dass Du in D besser Dinge absetzen kannst, z. Bsp. täglich Fahrten von Deinem Wohnsitz in F zu Deinem Gewerbebetieb in D :-) und viele andere Dinge.
Ich kann Dir einen Steuerberater empfehlen, der Dich dabei unterstützen kann und die Erklärungen machen kann, wenn Du es nicht selbst machen willst. Das Ganze geht auch noch rückwirkend für 2009.