Dann ist dein Hauptwohnsitz also in Deutschland, somit musst du auch in Deutschland deine Lohnsteuer bezahlen, es sei denn du arbeitest im öffentlichen Dienst, dann in dem Land wo der Arbeitgeber sitzt.
Im ersten Sinne ist der Hauptwohnsitz, also dort wo du amtlich gemeldet bist Vorraussetzung für die Steuerabgabe.
Gemeldet in DE = Steuer in DE
Gemeldet in FR = Steuer in FR
Gemeldet in CH = Steuer in CH
Wie gesagt es geht um den Hauptwohnsitz. Zumal du auch beachten solltest ob du die Vorraussetzungen für den Grenzgängerstatus hast.
Ich weiß jetzt nicht wie das umgekehrt ist aber wenn du zwar in Frankreich arbeitest wegen den Airport, jedoch dein Arbeitgeber seinen Sitz in
der Schweiz hat, und dazu deinen Hauptwohnsitz in DE, besteht grundsätzlich die Gefahr der doppelten Besteuerung. Ich glaube du müsstes dann auch
dich von der Schweizer Lohnsteuerpflicht befreien lassen, zumal das aber umgekehrt sinnvoller wäre. Kommst du denn aus der Region oder ziehst du wegen der Arbeit her, oder nur für ein paar Monate oder länger. Zumal ich in manchen Fällen auf jedenfall auch eine Beratung mit Leuten in Anspruch nehmen würde.
Es gibt auch im Internet gute Plattformen wo du dich erstmal belesen kannst um zu schauen was überhaupt auf dich zutrifft:
http://www.eures-t-oberrhein.eu/Angaben ohne Gewähr, aber vielleicht hilft es dir schonmal weiter.