Also, das was das FA da erzählt, halte ich für Käse. Der AG führt die Lohn- bzw. ESt direkt an das FA ab, und da ist es jetzt. D.h. wenn Du brav nachweist, daß Du im fraglichen Monat Grenzgänger warst (=> keine Steuerpflicht in DE) und Deine entsprechende Französische Steuererklärung/Bescheid drantackerst (=> Du hast brav in FR versteuert) sollte Dir das FA die Kohle zurückgeben.
Das geht natürlich nur, NACHDEM das Kalenderjahr in dem das alles passiert ist, rum ist - im Zweifel machst du eine ganz normale Steuererklärung, incl. o.g. Unterlagen, und dann kommt raus "Gezahlte Lohn/EST: x EUR, festzusetzende ESt: 0 € => Erstattung x EUR). Willst Du unterjährig an das Geld, ist vermutlich der AG am Zug, und wenn der du faul oder zu doof ist, ist es wohl am einfachsten, zu warten und die Sache direkt mir dem Staat auszumachen.
BTW, als Trost - meine Frau wartet seit 2011 (!) auf die Rückerstattung von zuviel einbehaltenen Sozialabgaben von der URSSAF...