Hallo,
so wie Du es beschreibst stimmt in der Tat etwas nicht.
Ist das Fahrzeug jünger als 6 Monate und hat weniger als 6000 km (so ist zumindest die Auslegung der frz. Steuerbehörden), kaufst du das Fahrzeug in D netto ohne MwSt. und zahlst in Frankreich die komplette MwSt. Die 1% von der die Rede ist ist die Differenz zwischen dem deutschen MwSt-Satz von 19 % und dem frz. von 20 %.
Bei einem Fahrzeug von mehr als 6 Monaten und mehr als 6000 km zahlst du die komplette MwSt in Deutschland. Du musst dann trotzdem in F aufs Finanzamt und die eine Bescheinigung holen (quitus fiscal). Das ist die Bestätigung, dass eine Mehrwertsteuerschuld gegenüber dem frz. Fiskus besteht und Voraussetzung für die Zulassung. Ich vermute, die haben bei der Rechnungsstellung einen Fehler gemacht. Manche Autohäuser behalten auch die deutsche MwSt. als Sicherheitsleistung ein, und zahlen diese erst aus, wenn die Zahlung im Ausland nachgewiesen ist. Wenn ich sonst weiterhelfen kann, gerne eine persönliche Nachricht an mich senden.