Genau. Du ziehst nur die tatsächlich gezahlten Beiträge - und auch nur Deinen Beitragsanteil - ab, also Beitrag abzüglich der Rückzahlung.
Wo siehst Du darin eine Bestrafung? Die Rückzahlung ist wie ein Einkommen zu sehen und würde auch in D (mittlerweile) versteuert. In der Summe verdienst Du aber dran, da die Rückzahlung auch anteilig aus AG-Beiträgen besteht, die Du selbst eigentlich ja nie gezahlt hast.
Ich kann Dir aus eigener Erfahrung sagen, dass das CDI sehr gut weiss, wie die dt. private KV funktioniert und das auch prüfen.