Hallo Jonny,
bei der Umschreibung hast du wohl tatsächlich versäumt, den LKW-Führerschein mit eintragen zu lassen.
Bei dem "Umschreibeformular" für den Führerschein steht drin, daß du zu nem franz. Arzt gehen musst, um die Tauglichkeit, LKW fahren zu dürfen, bestätigen zu lassen.
Das Attest musst du dann beim Umschreiben der Fahrerlaubnis mit vorlegen. Wenn das nicht dabei ist, gehen die wahrscheinlich davon aus, daß du keinen LKW mehr fahren darfst/willst.
So war das mal vor ca. 1 1/2 Jahren bei meinem Mann, der trotz internationalem Führerschein (das kleine Kärtchen) von der franz. Polizei gezwungen wurde, daß er sich einen franz. Führerschein ausstellen lässt. Soviel zum Thema Schengener Abkommen

Nachfragen bei der Prefecture kann hier sicher nichts schaden. Ggf. kann das ja noch nachgetragen werden, wenn du die ärztlichen Unterlagen nachreichst.
LG
Nutellalein